Wieczorem 31 lipca, po wielogodzinnych burzliwych rozmowach 15 spośród ponad 20-osobowej społeczności mniszej przegłosowało usunięcie 90-letniego abp. Damiana z urzędu ihumena (namiestnika) swego monasteru. Piastował on to stanowisko nieprzerwanie od 10 grudnia 1973 - najdłużej ze wszystkich prawosławnych przywódców kościelnych na świecie. Wcześniej, 28 tegoż miesiąca mnisi wystosowali list do greckiego Ministerstwa Oświaty i Religii, wyrażający sprzeciw wobec zapowiedzi głosowania w parlamencie w Atenach projektu specjalnej uchwały, która miała nadać ich klasztorowi osobowość prawną. Autorzy listu uznali to za sprzeczne z kanonami mieszanie się władz świeckich w sprawy kościelne. List ten wysłano też do zwierzchników wszystkich lokalnych Kościołów prawosławnych, powiadamiając ich jednocześnie o przyczynach odsunięcia abp. Damiana.

Mnisi zwrócili uwagę, że sędziwy ihumen, który od wielu lat rzadko pojawiał się w ich klasztorze, „nagle 25 lipca br. przybył do Egiptu i nazajutrz w miejscu poza monasterem spotkał się z członkami bractwa synajskiego”. Postawiono im warunek obowiązkowej obecności wśród nich adwokata, towarzyszącegoarcybiskupowi „oraz nałożono [na nich] nieuzasadnione ograniczenia w sprawie obecności wszystkich mnichów i ich rozmowy z ihumenem”. Damian ponoć próbował też zmusić mnichów do wycofania podpisów spod ich oświadczenia odwołującego go z urzędu, ale oni odmówili. Według autorów dokumentu ich decyzja w tej sprawie jest zgodna z obowiązującym statutem wewnętrznym z lat 1971-72, zatwierdzonym przez abp. Damiana.

W odpowiedzi na to postanowienie odsunięty przełożony św. Katarzyny wydał 3-stronicowe oświadczenie, w którym nazwał cale wydarzenie „przewrotem antykościelnym” i „ciosem wymierzonym w hellenizm”. Zapowiedział też, że nie uzna tej decyzji i zagroził buntownikom karami kościelnymi.

Początkowo nie było reakcji na to bezprecedensowe wystąpienie grupy mnichów ani ze strony rządu greckiego, ani z ramienia Patriarchatu Jerozolimskiego. Ale na początku sierpnia patriarcha Teofil III wysłał 3-osobową delegację, która odwiedziła najpierw Ateny, aby porozmawiać tam o działaniach rządu greckiego wobec monasteru na Synaju, jak również z samym Damianem, który jest Grekiem i częściej przebywa w tym kraju niż w Egipcie.

On sam jednak odrzucił możliwość spotkania z wysłannikami z Jerozolimy, wyrażając jednocześnie oburzenie z powodu interwencji Patriarchatu, uznając ją za „niedopuszczalną” i za „wdarcie się na obce terytorium”. Powołał się przy tym na dokument Patriarchatu Konstantynopolskiego z 1782, głoszący, iż „klasztor [św. Katarzyny] jest niezależny, niepodporządkowany [komukolwiek] i nie podlega jurysdykcji z zewnątrz, nawet Katedry Ekumenicznej [Konstantynopolskiej]”. Zdaniem ihumena inicjatywa Teofila nie zmierza do rozwiązania konfliktu, ale chce tworzyć „fakty dokonane” wymierzone w niego jako namiestnika klasztoru. Jednocześnie zaznaczył, że od patriarchy oczekiwał nie mieszania się w sprawy monasteru, ale potwierdzenia, że nie popiera on buntu mnichów.

Tymczasem delegacja z Jerozolimy odwiedziła Ateny, gdzie mimo wszystko rozmawiała z Damianem, po czym udała się do Egiptu, aby spotkać się z Bractwem Synajskim, ale na razie nie są znane wyniki tych rozmów.

Według Teofila III samo skierowane do niego zaproszenie i prośba o przysłanie swych przedstawicieli do św. Katarzyny „jest wyraźnym uznaniem” duchowej i kanonicznej jurysdykcji Kościoła jerozolimskiego nad klasztorem. „Wszelkie pojednanie może nastąpić jedynie pod warunkiem uznania drogi kanonicznej i pod duszpasterską opieką Kościoła Syjonu [tzn. Jerozolimy - KAI]” - napisał patriarcha w liście do mnichów. Zapewnił, iż patriarchat jest gotów rozpocząć niezbędną procedurę kościelną a celem działań delegacji będzie „dołożenie wszelkich starań, aby w duchu prawdy, pojednania i współpracy z Bractwem Synajskim doprowadzić do oczekiwanego i pokojowego rozwiązania powstałych problemów”.

Klasztor św. Katarzyny powstał około 530 roku na rozkaz cesarza bizantyjskiego Justyniana I, choć pierwszą kaplicę wzniesiono tam na początku IV wieku na polecenie cesarzowej Heleny (zmarłej około 328-330 roku) i jest najstarszym, działającym do dzisiaj monasterem chrześcijańskim na świecie. Znajduje się w wąskiej dolinie Wadi al-Dajr na południu Synaju w miejscu, w którym tradycja biblijna umiejscowiła krzak gorejący, z którego Bóg przemawiał do Mojżesza (Wj 3, 1-6), a w pobliżu wznosi się góra Synaj, zwana też Górą Mojżesza, gdzie miał on otrzymać od Boga tablice Dekalogu. Obiekt, otoczony wysokim na 12-15 metrów i grubym na ponad półtora metra murem obronnym, jest położony na wysokości 1570 m npm.

W ciągu wieków przechodził burzliwe koleje losu, wielokrotnie doświadczał ataków ze strony otaczających go plemion koczowniczych (do obrony przed nimi służyły właśnie wysokie i grube mury), a gdy na początku VII wieku na półwyspie pojawili się Arabowie, w 625 roku mnisi wysłali delegację do Mahometa, prosząc go o ochronę. W odpowiedzi wystawił on dokument, zwany Testamentem Mahometa, zapewniający ochronę klasztoru i zwalniający go od podatków. Od X wieku na jego terenie znajduje się też mały meczet dla pracujących tam muzułmanach, który także w pewnym stopniu strzegł tego miejsca przed atakami wyznawców islamu. Gdy na przełomie IX i X wieku odkryto tam relikwie św. Katarzyny Aleksandryjskiej - patronki klasztoru, wzrosła jego popularność i wzmógł się ruch pielgrzymkowy do niego.

W ramach zespołu klasztornego zbudowano tam około 20 cerkwi, z których główna nosi tytuł Przemienienia Pańskiego. Klasztor ma również ponad 30 filii w Egipcie, Libanie, Grecji, na Cyprze i w Konstantynopolu (Stambule). 26 lutego 2000 roku miejsce to odwiedził św. Jan Paweł II podczas swej podróży-pielgrzymki do Egiptu w związku z obchodami Roku Świętego 2000. Zwiedził wówczas obiekt i spotkał się z przebywającymi tam mnichami, którzy jednak nie zgodzili się na odprawienie w klasztorze nabożeństwa ekumenicznego i musiało się ono odbyć na zewnątrz, pod murami klasztoru.

Ze względu na swą historię i rolę, jaką klasztor św. Katarzyny odgrywa w świecie prawosławnym, od co najmniej 640 roku cieszył się on zawsze dużą autonomią, której oficjalnie udzielił mu Patriarchat Konstantynopolski w 1575 i potwierdził w 1782 roku. Obecnie Kościołem macierzystym arcybiskupstwa synajskiego jest Patriarchat Jerozolimski, którego zwierzchnik wyświęca kolejnych arcybiskupów synajskich, a zarazem przełożonych klasztoru św. Katarzyny. Dziś ten autonomiczny Kościół prawosławny liczy prawie 900 wiernych, w tym około 20 mnichów. Od 10 grudnia 1973 roku arcybiskupem Synaju, Rajtho i Farasu jest Damian (Samardzis; urodzony 4 kwietnia 1935).

28 maja br. sąd w Ismailiji wydał orzeczenie, iż cały majątek klasztoru ma przejść na własność państwa a pozostawanie w nim mnichów ograniczy się jedynie do czynności religijnych, i to na warunkach ustalonych przez nowego właściciela. Zdaniem niektórych znawców egipskiej sceny politycznej najnowsze decyzje mogą świadczyć o tym, iż prezydent kraju gen. Abdel Fattah as-Sisi nie kontroluje tej części podległego mu formalnie aparatu państwowego, która określana jest jako "państwo głębokie" i która ma powiązania z fundamentalistami islamskim nurtu salafickiego. Później władze wyjaśniły, że decyzja sądowa dotyczy nie monasteru, ale oddalonych od niego ziem o nieuregulowanym tytule własności. Niemniej jednak to właśnie ona spowodowała wspomniany kryzys w klasztorze i interwencję Patriarchatu Jerozolimskiego jako Kościoła macierzystego w celu rozwiązania go.