Muzeum powstało przy Sanktuarium Męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki, w ramach projektu „Szlak męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki” realizowanego z udziałem środków z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego.

Otwarcie Muzeum poprzedziła Msza św. z udziałem władz wojewódzkich i samorządowych, pod przewodnictwem bp. Wiesława Meringa. W homilii ordynariusz włocławski nawiązał do św. Jana Pawła II, który rozpoczął proces beatyfikacyjny ks. Jerzego. Przypomniał, że 7 czerwca 1991 roku we Włocławku po raz pierwszy jako głowa Kościoła określił to, co stało się w życiu ks. Popieluszki mianem męczeństwa. Po zakończeniu Mszy św. nastąpiło uroczyste poświęcenie i oficjalne otwarcie Muzeum.

Jego ekspozycja to połączenie dźwięku, obrazu i światła oraz interaktywnych multimediów. Dwie sale muzeum są połączeniem kina, telewizji, elementów animacji oraz innych efektów wizualnych i dźwiękowych.

Zwiedzający obejrzą filmy, inscenizacje oraz materiały archiwalne, po których oprowadza wirtualny przewodnik. Pomieszczenie trzecie jest salą interaktywną, gdzie można zapoznać się z multimedialnymi materiałami dotyczącymi życia, śmierci i działalności błogosławionego męczennika, jak również z różnymi formami kultu, który rozwija się na całym świecie.

"W ten nowoczesny sposób przekazywane są światu a zwłaszcza ludziom młodym wartości, które głosił ks. Popiełuszko" - podkreśla kustosz Muzeum o. Damian M. Kosecki CCG.

Na zakończenie ojciec Michał M. Krysztofowicz, Generał Zgromadzenia Braci Pocieszycieli, powiedział: „Jesteśmy dziś świadkami, że ze śmierci błogosławionego ks. Jerzego wyrosło dobro, tak jak z Krzyża Zmartwychwstanie. Ciało Męczennika wrzucone w nurt Wisły, podobne do ziarna wrzuconego w żyzną ziemię, przynosi na naszych oczach obfite owoce. Zamknięty w Kościele, przed dwoma tygodniami okres paschalny, przypomniał nam, że Chrystus w całej pełnij odniósł zwycięstwo nad grzechem, śmiercią i ludzką nieprawością".

Ks. Jerzy Popiełuszko urodził się w 1947 r. w wiosce Okopy na Białostocczyźnie, był kapelanem związanym z "Solidarnością" i robotnikami. Podczas Mszy za Ojczyznę sprawowanych w kościele św. Stanisława Kostki na stołecznym Żoliborzu publicznie krytykował nadużycia władzy komunistycznej. Równocześnie - zgodnie z głoszoną przez siebie zasadą "zło dobrem zwyciężaj" - przestrzegał przed nienawiścią do funkcjonariuszy systemu.

Wielokrotnie zastraszany i szykanowany przez aparat państwowy a także atakowany przez państwowe media, 19 października 1984 r. został porwany przez oficerów Służby Bezpieczeństwa z IV Departamentu MSW zwalczającego Kościół katolicki. Po brutalnym pobiciu, oprawcy wrzucili księdza do Wisły na tamie koło Włocławka.

W zakończonym w lutym 1985 roku procesie przed sądem w Toruniu na wysokie kary więzienia za tę zbrodnię skazano trzech oficerów MSW. Przewód sądowy nie ujawnił jednak ani wszystkich okoliczności, ani inspiratorów mordu.

Grób ks. Jerzego przy warszawskim kościele św. Stanisława Kostki stał się miejscem pielgrzymek Polaków oraz wiernych i turystów z całego świata.

W 1997 roku rozpoczął się proces beatyfikacyjny kapłana.

Ks. Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany 6 czerwca 2010 r. podczas Mszy św. na Placu Piłsudskiego w Warszawie, w obecności ok. 150 tys. wiernych.