W październiku 1962 r. odbyła się pierwsza uroczysta inauguracja roku akademickiego w Prymasowskim Studium Życia Wewnętrznego przy Metropolitalnym Seminarium Duchownym św. Jana Chrzciciela w Warszawie, którego działalność pobłogosławił Prymas Tysiąclecia.
Celem Studium było pogłębianie wiedzy o życiu wewnętrznym przez pracę dydaktyczną, naukową i badawczą, budzenie zamiłowania do życia wewnętrznego, zgodnie z nauką Kościoła, a także przygotowanie ojców duchownych dla seminariów duchownych, mistrzów i mistrzyń dla nowicjatów, ojców duchownych diecezjalnych i dekanalnych, jak również wytrwałych kierowników duchowych. Ważnym zadaniem stało się upowszechnianie wiedzy o życiu wewnętrznym i praktyce doskonałości chrześcijańskiej w szerszych kręgach zarówno duchowieństwa, jak i laikatu.
Początkowo było to Studium jednoroczne. W latach 1963-75 wprowadzono cykl studium dwuletniego i wreszcie trzyletniego. Ks. Słomkowski od początku istnienia Studium bardzo dużą wagę przywiązywał do wysokiego poziomu studiów. Z tej racji zatrudnieni zostali, w różnych okresach, wybitni znawcy zagadnień teologicznych, m.in.: o. B. Przybylski, ks. E. Weron, o. O. Filek, bp W. Miziołek, ks. B. Nadolski, ks. W. Słomka, ks. A. Santorski, ks. W. Zdaniewicz, o. K. Marciniak.
W roku akademickim 1970/71 wprowadzono tryb studiowania zaocznego, którego program zasadniczo był taki sam jak w cyklu stacjonarnym.
Od 1967 r. Studium zostało włączone jako Sekcja Teologii Życia Wewnętrznego do Akademickiego Studium Teologii Katolickiej przy Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Warszawie, co dało studentom możliwość ubiegania się o kościelne stopnie akademickie, zaś w 1988 r. jako Instytut Międzysekcyjny do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie. W 1991 r. została zmieniona nazwa uczelni na Prymasowski Instytut Życia Wewnętrznego.
Pierwszym kierownikiem Studium był ks. Słomkowski. Pełnił tę funkcję do 1973 r. W tymże roku kierownikiem został ks. E. Weron SAC i był nim do 1993 r. Lata 1993-2006 to okres kierowania Instytutem przez ks. A. Santorskiego. Od czerwca 2006 r. nowym kierownikiem Studium został mianowany ks. M. Szymula.
Ważną inicjatywą zarządu Studium było również organizowanie ogólnopolskich dni skupienia dla kapłanów diecezjalnych i zakonnych, a z czasem dla studentów, absolwentów i sympatyków Studium. Przykładowo - w dniach 28-31 maja 1968 r. w ramach dni skupienia na Jasnej Górze uczestniczyło 140 kapłanów diecezjalnych i 110 zakonnych. Prelegentami byli wybitni znawcy problematyki teologicznej, dotyczącej świętości i działalności kapłańskiej, m.in.: kard. S. Wyszyński, kard. K. Wojtyła, abp B. Kominek, bp P. Gołębiewski, ks. W. Uramowicz i ks. A. Słomkowski. Ponadto były organizowane sympozja i odczyty, skierowane przede wszystkim do katolików świeckich i poświęcone różnym problemom dotyczącym życia duchowego.
W ciągu 45 lat istnienia Prymasowskiego Instytutu Życia Wewnętrznego wiedzę zdobywało ok. 2600 słuchaczy, spośród których znaczna liczba uzyskała tytuł magistra, licencjata i doktora teologii. Grupę studiujących tworzyli nie tylko mieszkańcy Polski, ale i osoby m.in. z Białorusi, Ukrainy, Litwy, Niemiec, Anglii.
Do najważniejszych publikacji, będących owocami działalności PIŻW, należy zaliczyć: „Ku odnowie życia wewnętrznego” („Powołanie człowieka”, t. 1), red. E. Weron, Poznań - Warszawa 1972; A. Słomkowski, „Ku doskonałości”, Lublin 1974 (Warszawa 1993); E. Weron, „Teologia życia wewnętrznego ludzi świeckich”, Poznań - Warszawa 1980; tenże, „Kierownictwo duchowe”, Poznań - Warszawa 1983; „Życie wedle Ducha. Księga Pamiątkowa z okazji XXV-lecia działalności Prymasowskiego Studium Życia Wewnętrznego”, red. E. Weron, Poznań 1987; A. Santorski, „Droga życia wewnętrznego”, Warszawa 1997.
Warto zaznaczyć, iż w 2005 r. ukazało się drukiem poważne studium dotyczące analizy nauczania założycieli PIŻW, autorstwa ks. Andrzeja Zelka SAC, pt. „Czym jest świętość? Świętość chrześcijanina w świetle pism głównych założycieli Prymasowskiego Instytutu Życia Wewnętrznego - ks. Antoniego Słomkowskiego, o. Bernarda Przybylskiego OP i ks. Eugeniusza Werona SAC”.
Obecnie Prymasowski Instytut Życia Wewnętrznego prowadzi zajęcia dydaktyczne dla studentów Papieskiego Wydziału Teologicznego Sekcja św. Jana Chrzciciela w zakresie studiów specjalistycznych z teologii duchowości, Podyplomowe Studium Duchowości oraz Otwarte Studium Życia Wewnętrznego.
Instytut, wierny swej 45-letniej tradycji, podejmuje systematyczne kształcenie z teologii duchowości, organizowanie sympozjów, ale także formuje słuchaczy przez sprawowane Msze św., możliwość podejmowania systematycznej spowiedzi i kierownictwa duchowego, organizowanie wspólnie przeżywanych uroczystości kościelnych i akademickich, jak również organizowanie imprez kulturalnych i wspólnego pielgrzymowania do sanktuariów.